Отделение было создано в 1962 году для оказания плановой нейрохирургической помощи профессором И.М. Иргером и является одним из старейших нейрохирургических стационаров г.Москвы.

Круг научных интересов профессора И.М. Иргера был чрезвычайно широк. Им внесен вклад в разработку проблем лечения черепно-мозговой травмы, нейроонкологии, краниовертебральных аномалий, заболеваний спинного мозга. Результаты исследований были отражены более чем в 180 научных статьях и 8 монографиях. Особое место среди этих работ занимает его учебник «Нейрохирургия». Первое издание учебника вышло в 1971г. После этого учебник был переиздан в 1982г. В течение многих лет учебник И.М. Иргера оставался единственным учебным пособием по нейрохирургии для студентов в нашей стране. Многие современные нейрохирурги начали свое знакомство с нейрохирургией изучая этот учебник.

С 1982 года во время руководства отделением Л. Парамоновым  разработаны методики хирургических операции при сирингомиелии.

Впервые в России в 1990 году А.И. Аверочкиным в нашем отделении были описаны клинические случаи туннельных нейропатий и начато их хирургическое лечение. В настоящее время отделение имеет самый большой опыт этих операций.

В отделении с 1997 года впервые в стране стали регулярно производится операции по удалению внутримозговых спинальных опухолей. В настоящее время отделение имеет самый большой опыт этих операции. Профессором, д.м.н. Г.Ю. Евзиковым написана единственная монография на русском языке, посвященная этой проблеме: «Хирургическое лечение внутримозговых спинальных опухолей».

В 2002 году сотрудником отделения к.м.н О.Е Егоровым, предложена, запатентована и внедрена оригинальная методика реконструкции затылочно-шейной дуральной воронки при аномалии Арнольда Киари.

В нашем отделении впервые в России стали проводиться открытые хирургические вмешательства по поводу артериовенозных мальформаций                                                                   спинного мозга..